R을 이용해서 래스터 파일의 다중공선성 계산하기(VIF)
이번 글은 래스터파일의 다중공선성을 평가하기 위해서 VIF 계산과정을 설명한다. 1. 관련 라이브러리를 불러온다. 2. 생물기후변수 19개를 raster()함수를 이용해서 래스터 파일 형태로 불러온다. 3. 생물기후변수 19개를 stack()함수를 이용해서 병합한다. 4. 생물기후변수 래스터 파일 19개의 다중공선성을 평가한다. 결과: 5. 생물종 위치에 해당하는 생물기후변수 19개 다중공선성 평가하기 결과: 6. 생물종 위치에 해당하는 생물기후변수 19개 다중공선성 평가 후 확인하기 결과:
MaxEnt 프로그램 기본 setting 값
이번 글은 현재시기 분포와 미래 시기 분포를 동시에 보고자 할 때 MaxEnt 기본 설정값을 보여주고자 한다. 다음은 settings 기본 값을 보여준다. Random seed를 체크하고 검증데이터는 25%로 설정하고 반복횟수는 10번 수행하는데 bootstrap방법을 학습데이터와 검증데이터를 분류하여 모델의 정확도를 평가한다. Randod Seed를 체크하면 매번 다른 학습데이터와 검증데이터가 생성되어 10번의 모델을 학습하고 정확도를 평가할 수 있다. Maxent의 bootstrap 방법은 모델의 불확실성을 평가하고 예측의 신뢰도를 측정하는 방법 중 하나이다. 부트스트래핑은 통계학적 리샘플링 기법 중 하나로, 주어진 데이터셋으로부터 복원 랜덤 샘플을 추출하여 여러 번의 모델 훈련을 수행하고 결과를 평..
Maxent 자동화 프로그램을 인스톨 팩토리를 이용해서 제작 및 배포
1. 인스톨 팩토리 프로그램 실행 파일 (exe 등)와 프로그램 보조 파일 (여러 음성, 사진, jre 등)이 같은 폴더에 있는 상태여야만 실행이 되고 그 상태로 배포해야만 하는 상황이 생길 때 유용하게 사용할 수 있는 프리웨어입니다. InstallFactory를 사용하면 자동으로 원하는 경로에 프로그램 파일을 설치하는 setup파일을 만들 수 있습니다. setup 파일을 한국어와 영어 중 선택해서 제작할 수 있습니다. 더보기 더보기 python과 pyqt5로 제작된 실행파일을 pyinstaller로 EXE 실행파일로 만든 후, 이 실행파일을 설치파일 형태로 배포하기 위해 실행파일과 함께 관련된 모든 파일이 하나의 폴더에 있다고 가정한다. 여기서는 C:\python_work\maxent_auto\dist..
Install Factory를 이용한 Maxent 자동화 프로그램 배포용 설치 파일 만들기
1. 인스톨 팩토리 설명 InstallFactory를 이용하여 설치파일인 setup파일을 자동으로 원하는 경로에 프로그램 파일을 설치하는 setup파일을 만들 수 있습니다. setup 파일을 한국어와 영어 중 선택해서 제작할 수 있습니다. 프로그램 실행 파일 (exe 등)와 프로그램 보조 파일 (여러 음성, 사진, jre 등)이 같은 폴더에 있어야 실행이 되고 프로그램을 배포할 때 유용하게 사용할 수 있는 프리웨어 소프트웨어입니다. 설치파일에 포함할 모든 파일들이 한개의 폴더에 저장된 상태에서 설치파일을 만드는 과정을 설명합니다. 처음으로 Install Factory 2.7을 실행하여 [일반] 탭을 누르고 프로젝트명을 이름변경으로 입력하고 타이틀은 여기서 KNPS Maxent Auto하고 소스폴더는 설치..
04-Maxent 환경변수 만들기 - QGIS 래스터 파일을 asc 포맷으로 내보내기
소개 Maxent 프로그램을 수행하기 위해서 환경변수로 사용되는 DEM, 기후자료, 지형자료 등 래스터(.tif) 데이터를 .asc 파일형식으로 변경해서 사용해야 합니다. 방법 QGIS 프로그램 화면 오른쪽 툴바 >> 래스터 레이어 추가 아이콘을 선택하여 변환하려는 파일을 엽니다. 래스터 >> 변환 >> 변환(포맷 변경)...을 선택하여 래스터 변환기를 엽니다. 입력 레이어를 설정하고 산출 파일 좌표계는 입력레이어와 동일하게 설정합니다. 변환한 산출물에서 파일로 저장을 선택해서 나온 변환(포맷변경) 대화 상자에서 파일 유형을 드롭하고 ASC 파일(*.asc *.ASC)를 선택합니다. .asc 확장자를 포함한 파일 이름과 경로를 설정합니다. 저장 을 눌러 대화 상자를 닫습니다. 실행을 눌러 변환을 수행하고..
03-Maxent 생물종 분포모델 실행하기
생물종 분포모델은 생물종이 기존에 서식하는 지역의 환경특성을 분석하여 아직 조사되지 않거나 알려지지 않은 지역이 과연 그 생물종에게 얼마나 적합한지를 확률로서 알려주는 모델이다. 기존의 로지스틱 회귀식과 달리 Maxent 알고리즘은 생물종이 출현한 지점의 환경특성을 고려하는 모델이다. 그리고 Maxent 프로그램은 사용하기 쉽고 널리 검증된 알고리즘을 적용한다. 이 글에서는 앞서 Maxent 프로그램을 설치(2022.07.16 - [Maxent 분포모델] - 01-Maxent 프로그램 설치하기)하고 예제파일을 다운로드(2022.07.16 - [Maxent 분포모델] - 02-Maxent 프로그램 예제 파일 다운로드) 했다면 예제파일을 이용해서 Maxent 프로그램을 전반적으로 어떻게 실행하는지에 대해서 ..